دوران سلطنت محمد شاه را باید دورهی بدبختی و رکود ایران دانست؛ زیرا پس از مرگ فتحعلیشاه و بذل و بخششهای عادل شاه دیگر چیزی از نظر اقتصادی باقی نمانده بود و از لحاظ سیاسی نیز از ولیعهد گرفته تا بقیّهی افراد در چنگال اختاپوسی دولتهای روس و انگلیس قرار داشته و در مقابلشان دُم تکان میدادند و همچنین رشوهگیران و مواجب بگیران انگلیس بر همه جا مسلّط شده بودند. در این محیط سراسر فساد دیگر جایی برای انسانهای آگاه و دل سوز و یا زمینهی رشد آنها وجود نداشت و مردم نیز دچار تشتّت فکری شده و امیدها به یأس تبدیل شده بود. افرادی چون قائم مقام باید از حرف زدن و نفس کشیدن محروم باشند و سرانجام محمد شاه ساده لوح و دهان بین دستور قتل صدر اعظم را صادر میکند و امر میفرمایند که او را خفه کرده و خونش را نریزند که مبادا گناهی مرتکب شده باشد و بر خلاف عهد و پیمان و قسم خود عمل کرده باشد. در باب چگونگی انجام این عمل ننگین به غیر از مورّخین درباری بقیّه تقریباً به طور یکسان روایت قتل را توصیف کردهاند. علی اصغر شمیم در مورد قتل قائم مقام مینویسد:«...روز 27صفر سال 1251 ه.ق صدر اعظم را به باغ نگارستان که آن زمان توقفگاه موقّت شاه برای عزیمت به ییلاق بود احضار کرد و قائم مقام در حالی که عدّهی زیادی از مردم و اطرافیان و منشیان وی در پی او در حرکت بودند به باغ وارد شد. فرّاشان حکومت از ورود همراهانش به باغ جلوگیری کردند و او را به عمارت اندرون بردند و در انتظار ورود شاه نشاندند. لحظهای بعد اسماعیل خان قراچه داغی رئیس فرّاشهای خلوت او را از فرمان شاه مبنی بر قتل وی آگاه ساخت و بلافاصله مأموریت خود را انجام داد. در روز قتل قائم مقام به امر شاه فرزندان و بستگان و هوادارانش را نیز در تهران و شهرستانها بازداشت و زندانی کردند و یا کشتند و فاجعهای را که قبلاً در زمان فتحعلیشاه در مورد حاجی ابراهیم خان اعتمادالدّوله صدر اعظم آن پادشاه روی داده بود در مورد قائم مقام و خاندان او تکرار کردند.»[1]
لسانالملک سپهر در بارهی قتل صدر اعظم ایران چنین مینویسد:«...معالقصّه بعد از باز داشتن قائم مقام در بالاخانهی دلگشا شاهنشاه غازی فرمودند نخست قلم و قرطاس را از دست او بگیرند و اگر خواهد شرحی به من نگارد نیز مگذارید که سحری در قلم و جادویی در بنان و بیان اوست که اگر خط او را ببینم فریفته شوم و او را رها کنم. پس بر حسب فرمان عوانان دژخیم ادات نگارش او را گرفته از بالاخانهی دلگشا فرود کردند و در بیغولهای که حوض خانه خوانند محبوس داشتند و بعد از شش روز در شب شنبه سلخ (30) صفرش خپه (خفه) کردند و جسدش را در جوار بقعهی شاهزاده عبدالعظیم به خاک سپردند و ضمناً صنیعالدّوله نیز در کتاب منتظم ناصری این واقعه را به صورت یک مرگ طبیعی جلوه داده و نوشته: ... او را به نگارستان احضار کرده سه روز در این جا محبوس بود تا درگذشت و در بقعهی عبدالعظیم مدفون گشت.»[2]
احمد خان ملک ساسانی در بارهی قتل قائم مقام مینویسد: «پنج یا شش روز قائم مقام را در حوض خانه زیرزمینی نگارستان نگاه میدارند. برای تحلیل بردن قوای جسمانی او و این که شاید از گرسنگی بمیرد از دادن غذا به او خودداری میکردند تا شب آخر صفر اسماعیل خان قراچه داغی که یکی از اشقیا و سرهنگ فرّاش خانه و میرغضب باشی بود با چند میرغضب وارد حوض خانه شده و بر سر او ریخته و او را بر زمین میزنند. قائم مقام با وجود ضعف و ناتوانی که دارد برای استخلاص خود مقاومت میکند به طوری که بازوان او مجروح شده خون جاری میگردد. بالاخره دستمالی در حلق او فرو برده و او را خفه میکنند و آن دهانی را که به پهنای فلک بود و برای خدمت به ایران فداکاری میکرد برای همیشه میبندند. همان شب نعش وی را در گلیمی پیچیده بلافاصله بر استری بسته به حضرت عبدالعظیم میفرستند که آن جا مدفون گردد. از متولّی آستانه نقل شده است که اذان صبحی بود در را کوبیدند از خدّام کسی حاضر نبود من خود رفته در را گشودم، دیدم چند نفر از غلامان کشیک خانه نعشی را وارد کردند. گفتند شاه فرموده این نعش را دفن کنید! پرسیدم کیست؟ گفتند: قائم مقام. خواستم غسل داده کفن کنم راضی نشدند و گفتند مجال نیست و البّته چنین دستور داشتند. چون کشندگان او نمیخواستند معلوم شود به چه صورت بدن وی زیرخاک میرود. بالجمله حامل یک عالم فضل با لباس ملبوس تن در صحن امامزاده حمزه جنب مزار شیخ ابوالفتح رازی به خاک سپرده میشود. چنین مشهور است متولّی آستانهی مبارکهی حضرت عبدالعظیم همان شب حضرت معظّم را در خواب میبیند که به او میفرمایند امشب برای ما مهمان میآید از او استقبال کنید. او با چراغ به در صحن میرسد، میبیند جنازهای لای گلیم پیچیدهاند. میگویند جنازهی قائم مقام است و امر شده او را همین طور به خاک بسپارند و امّا در مورد خانوادهاش بعد از آن که نعش قائم مقام را به آستانهی حضرت عبدالعظیم بردند و شبانه به خاک سپردند. حاجی عمّامه را برداشته (منظور حاج میرزا آقاسی ریا کار میباشد که بعد از قائم مقام به صدارت رسید) کلاه قاب سنتوری دراز نوک تیزی بر سر گذاشته، فرستاد کاغذ و نوشته جات قائم مقام را آن چه در باغ لاله زار منزلگاه موقّت قائم مقام بود به باغ نگارستان حمل کردند و از میان آنها هر چه که به رمز بود برای اثبات خیانتهای قائم مقام کنار گذاشت و بقیّه را طعمهی آتش کرد از جمله فصل دوم رساله عروضیه و قصیدهی نود و دو بیتی در مدح مولای متقیان سلامالله علیه و مراسلات بسیار و رونوشت سیاسی که قائم مقام در مدّت سی سال تصّدی امور مملکت نگاهداری میکردند در جزء آن سوخت. نوشته جات رمز را که نمیتوانستند کشف کنند در خزانهی سلطنتی ضبط کردند، امّا وقتی که در زمان ناصرالدّین شاه به کشف آنها موفّق شدند معلوم شد که تمامش برای رسانیدن محمد شاه ابله و نالایق به سلطنت بوده است. حاجی از سوزاندن نوشته جات و رسایل قائم مقام که فارغ شد توقیف اقوام و کسان و بستگان شروع گردید. خانههاشان غارت کردند. اسناد تاریخی قطعات خط اساتید، مرقعهای نقّاشی که در خانوادهی هزار ساله جمع شده بود به یغما رفت. املاکشان در فراهان و شمیران تهران و آذربایجان مصادره شد.»[3]