آقا محمّدخان پس از کشته شدن پدرش محمّد حسن خان به اسارت فرماندهی زند درآمد. در این زمان آقامحمّدخان در حدود 30 سالگی بود و هنگامی که او را نزد کریمخان بردند خیلی با او به مهربانی و دلجویی رفتار کرد. در مورد چگونگی اسارت وی و همراهانش روایتی دیگر نیز آمده است که خود اولاد قاجار به حضور کریمخان رفته و در سِلک خدمتگزاران او درآمدهاند. اغلب مورّخین از مدّت 16 سالی که خانوادهی قاجار در خدمت خان زند بودند به نیکی یاد کرده و از ارتباط نزدیک کریم خان با آنان سخن گفتهاند و علاوه بر این از نحوهی رفتار مثبت با سایر برادرانش در خارج از شیراز نیز نوشتهاند و جای بسی تعجّب است که چرا آقامحمّدخان در دوران اسارت و یا در زمانی که به قدرت رسید آن قدر در حقّ خاندان زند نمک نشناسی کرد. رفتار خان قاجار به حدّی شدید بود که اقوام و بستگان بسیار دور زندیه هم از فجایع این خواجهی تاجدار بینصیب نشدند و از این که چرا این گونه اعمال را در مورد خاندان نادر انجام نداده است معلوم نیست. کریمخان پس از مرگ محمّدحسنخان پسرش را به عنوان گروگان به شیراز برد و دو برادر ناتنی او را هم که از مادری گمنام بودند به دلخواه آقامحمد خان همراهش بردند. او با صبر و دلی پرکینه تن به این تبعید داد. امینه پاکروان در مورد ارتباط کریم خان با آقا محمد خان مینویسد: «در این ایّام وکیل نیز سخت فریفتهی روان روشن و آرام ناپذیر و زیرکی و غرور گروگان شده بود و اغلب با او مشورت میکرد و روزی از وی در بارهی لشکرکشی به خراسان نظر خواسته شد که آیا دست زدن به این لشکرکشی کار درستی است؟ او جواب داد که برای نام و آوازهی شما البّته! میخواهی به فرماندهی یک سپاهت بگمارم؟ از عهده برخواهم آمد. اگر بخت از من روگردان شود تو سوارانت را گِرد خواهی آورد و به خاک ترکمن خواهی گریخت و خود را به استرآباد خواهی رساند. آقامحمّدخان در ردّ این سخن چیزی نگفته بود (در این مورد میرزا جعفر یکی از وزیران وکیل در خلوت به دیدار خداوندگار رفته و گفته بود شما شیر را به جنگلِ زادگاه و به میان کسانش روانه میکنید؟ و این گفته کارگر افتاده و رشتهها تنیده شده بود.) ولی کریمخان به میزان عمق این کینه پی نبرده بود و رفته رفته به او خو گرفته بود و حتّی در تالار شورا دیگران را به نگه داشتن پاس حرمتش وا میداشت. ولی آقامحمّدخان برای فرو نشاندن بغض خفقان آورش دزدکی قالیهای گرانبهایی را که در زیر پا داشت شکاف میداد. بعدها خود او گوید: این کاری بود که در آن زمان میتوانستم با دشمنانم بکنم. بعدها وقتی عاقبت میراث زندیه به من رسید و آثار خشم گذشته را دیدم بر کوته بینی خود سخت افسوس خوردم.»[1]
همچنین سعید نفیسی در بارهی زندگی فقیرانهی خواجه در این دوران مینویسد: «آقامحمّدخان پس از سرکوبی برادرش در شیراز گروگان کریمخان بود تا او هم سرکشی نکند و هم افراد دیگر خانوادهاش آرام بمانند. در زمانی که اسیر کریمخان بود در نهایت تنگدستی به سر میبرد چون کریمخان میخواست او سرکشی نکند. گقتهاند که آقامحمّدخان به اندازهای تنگدست بود که به پول آن زمان بیش از دو پول یعنی کمترین واحد پول در آن روزگار که معادل دو دینار امروزیست با خود نداشت و چون به نخستین منزل پس از شیراز رسیدند خود و جلودارش بسیار گرسنه بودند. حیلهای کرد و آن، این بود که بر درِ دکّان جگرَک فروش رفت و یک نان سنگک به یک ریال خرید و به او گفت. یک پول جگرَک در میان این نان بگذارد. همین که آن مرد جگرک را در میان نان گذاشت و نان اندکی چرب شد بهانه آورد که جگرَکَت خوب نیست. آن را پس داد و بدین گونه نان خود را چرب کرد و با جلودارش خورد.»[2]