در اکثر منابع به اختصار و اشاره از تعصّب شدید و مذهبی بودن آقامحمّدخان ذکری به میان آمده است. شاید در مقابل اعمال وحشت آور او که بیانگر نیّت واقعی او بوده مجال گفتار نبوده است. آقامحمّدخان چون با نیروی شمشیر و خونریزی به سلطنت رسیده بود احتیاجی به مشروعیت بخشیدن قدرت از طرف علما را در خود احساس نمیکرده و میگویند ارتباط چندانی با روحانیون نداشته است. در برخورد با مذاهب دیگر نیز با مماشات برخورد میکرده و به آنها اجازه میداده است که آزادانه به اعمال مذهبی خود بپردازند و اگر کسی به آنها آزار میرسانید به شدّت برخورد میکند و حتّی فتوی میدهد که آنها نیز در روزهای بارانی میتوانند از خانه بیرون آیند و مسلمانان در اثر تماس با آنها نجس نمیشوند. کتاب خواجهی تاجدار که بیشتر از بقیّه و با دیدی مثبت به توصیف و شرح حال آقامحمّدخان پرداخته است در بارهی خصایص مذهبی او مینویسد: «آقامحمّدخان قاجار در زمینهی مذهب تعصّب زیادی به خرج میداده است و اغلب بنا به عقیدهی خویش عمل میکرد از جمله هنگامی که آقامحمّدخان قاجار از تهران جهت مقابله با لطفعلیخان زند عازم فارس بود به راه افتاد. ماهی بود که مسلمین روزه میگیرند، امّا طبق قوانین اسلام مسافر از گرفتن روزه معاف است ولی آقامحمّدخان قاجار امر کرد که افسران و سربازانش روزه بگیرند و گفت افسر و سرباز مانند پیک است که دائم سفر میکند و در قوانین اسلام کسانی که کثیرالسّفر هستند و دائم مسافرت میکنند باید در ماه رمضان روزه بگیرند. این نظریه را علمای اسلام قبول ندارند و سربازان را کثیرالسّفر نمیدانند، ولی آقامحمّدخان که به خود حقّ میداد در مسائل مربوط به شرع اسلام فتوی بدهد امر کرد که تمام افسران و سربازان باید روزه بگیرند، ولی هنگام مسافرت که مصادف با فصل تابستان بود و سپاهیان وی در بیابان قم هنگام شب بر اثر طوفان دچار سرگردانی میشوند و روز بعد اغلب سپاهیان نجات یافته در هوای گرم در معرض نابودی قرار میگیرند فتوی میدهد که روزه را بگشایند و در این مورد جایز است. در مورد همراه داشتن دعا هنگام جنگ اعتقادی نداشت و حتّی شیخ جعفر تنکابنی که کتابخوان وی بود و سفارش کرد که جدولی از اعداد یک تا نه را که عدد پنج در وسط قرار داشته و در سه ردیف که از هر طرف جمع آن پانزده میشده را همراه داشته باشد او قبول نمیکند. به سنّت بَست نشینی معتقد بود و احترام میگزارد و به ساعات سعد و نحس در کارهای خود اعتقادی نداشت. در صورتی که شاهان قبلاً اعتقاد زیادی در این مورد داشته و حتّی بدون توجّه به آن ناخن نیز نمیگرفتند، ولی آقامحمّدخان قاجار با این که عقیده به سعد و نحس بودن نداشت. موقعی که میخواست ولیعهد خود را انتخاب کند مجبور شد که از منجّم تهران بخواهد که روز سعد را تعیین کند، زیرا اطرافیان آن قدر راجع به لزوم تعیین روز سعد گفتند تا این که آقامحمّدخان را تحت تاثیر قرار دادند.»[1]
یک بار نیز دستور میدهد که ضریحی جهت مقبرهی امام اوّل علی بن ابی طالب در نجف بسازند و در مورد دیگر مرمّت و تعمیر آرامگاه امام حسین (ع) میباشد که آقامحمّدخان هیأتی متشکّل از یک معمار و چند بنّا و یک مباشر را که ناظر هزینه بود به کربلا فرستاد تا گنبد مذکور را مرمّت و با زر بپوشانند و در این جا به روایتی اشاره میشود که خواجهی قاجار با آن همه جنایت و وحشیگری از خداوند طلب بخشش نیز میکند و انسان نمیداند که در مورد وی چگونه قضاوت کند و نمیداند که تفکّر و مرام او چه بوده است! .این گزارش صحنهای است که به ما اجازه میدهد نگاهی به ژرفنای حقیقت این موجود عجیب بیفکنیم. در یک شب مهتابی در گرمای خفهکنندهی تابستان شاه پیش از نیمه شب از بستر خود که بر بامی افتاده است بلند میشود و به راه میافتد. چون دیر میکند یکی از بزرگزادگان نگهبان و یکی از خدمتگزاران که شاید همان پیشخدمت گوش بریده بوده است نگران میشوند و میترسند که مبادا بار دیگر سرور آنان دچار غشّ و حمله شده باشد که هنوز پی در پی به او عارض میشد. پس از آن که از این حیاط به آن حیاط به سراغش رفتند و در باغ به جایی که حوضی داشت، رسیدند. چشمشان به منظرهی بُهت انگیزی افتاد که در آن روشنایی تند برایشان جای تردید باقی نمیگذاشت. رئیس پر مهابت قاجار با لُنگ خشتی که به کمر بسته بود با آن بالا تنهی لاغر و بازوان استخوانی و سر برهنه میان حوض ایستاده بود. آب کثیف و آلوده به زانوانش میرسید. با مشتها لجن سیاه و بد بوی ته حوض را پی در پی برمیداشت و بر سر و روی میریخت. کسانی که نزدیک میشدند؛ شنیدند که با نالهای خفه و در همان حال بلند میگفت خدایا ببخشای! شاه چون چشمش به آنان افتاد با آن که وضع اَسفانگیز و ناهنجاری داشت به همان خشونت تهدیدآمیز همیشگی خویش بازگشت و گفت هیچ وقت به کسی کلمهای از آن چه دیدید و شنیدید نگوئید! همهی اینها را فراموش کنید وگرنه کشته خواهید شد!»[2]