هنگامی که میرویس در سال 1128 درگذشت برادرش میرعبدالله جانشین وی گردید. محمود 19 ساله پسر ارشد میرویس بود که به تحریک عدّهای عموی خویش را به قتل رساند و حکومت قندهار را در دست گرفت. محمود علاوه بر آگاهی از اوضاع آشفتهی دربار ایران از جانب امپراتوری مغولان در هند خیالش آسوده بود زیرا محمّد شاه گورکانی هم دست کمی از شاه سلطان حسین نداشت و در جوار خود قبایل ابدالی نیز چنان درگیر کشمکشهای داخلی بودند که دیگر مجالی برای حمله به وی را نداشتند. از زمان کسب قدرت محمود افغان تا نخستین مرحلهی زورآزمایی وی با دولت صفویه دو سال طول کشید و در این زمان گذشته از آن که صاحب اختیار قبیلهی خویش شد قادر به جلب قبایل هزاره هم به سوی خود گردید. محمود اولین تهاجم واقعی خود را از کرمان آغاز کرد و در آن جا مورد حمایت اقوام بلوچ و زردشتیانی قرار گرفت که در اثر ظلم و ستم وارده بر آنان محمود را منجی خود میپنداشتند. لکهارت یکی از علل مهم حمایت این اقوام را ناشی از تعصّب ملاهای شیعه میداند و مینویسد: «حکمران کل کرمان که معدودی سپاهی در اختیار داشت، درست پیش از ورود غلزائیها معجّلاً شهر را ترک گفت. هنگام عقب نشینی او سه تاجر انگلیسی که از طرف شرکت هند شرقی انگلیس برای خرید کرک و فروش پارچه و کالاهای دیگر شرکت در آن شهر اقامت داشتند در معیّت وی قرار گرفتند. محمود بر اثر عقب نشینی حکمران که از دست ملّاهای متعصّب شیعه به جان آمده بودند موقع ورود وی تسهیلاتی فراهم شده باشد.»[1]
محمود افغان مدت 9 ماه با بی رحمی و قساوت تمام بر کرمان تسلط داشت و باید بر اثر شکستی که از جانب لطفعلی خان به او وارد آمده به قندهار فرار کرده باشد؛ زیرا برخی منابع علت فرار را به دلیل شورش در قندهار نیز ذکر کردهاند. محمود فردی زیرک و با هوش بود و برای فریب شاه سلطان حسین در سال 1132 تعدادی از رؤسای ابدالی را که به اسارت درآورده بود به نشانهی حُسن نیت و وفاداری خود به اصفهان فرستاد. در ریا کاری محمود شکی وجود نداشت؛ زیرا وی عموی خود را به بهانهی این که خواهان مدارا با شاه سلطان حسین است و بر خلاف نظر پدرش میباشد، به قتل رساند. با این حال پادشاه از روی سادگی و یا تسلیم نظر دیگران متوجه این خدعه نگردید و حاکمیت وی را با اعطای لقب حسینقلی خان (غلام شاه سلطان حسین) و صوفی صافی ضمیر و ارسال خلعت و اسب و شمشیر بر قندهار به رسمیت شناخت. لکهارت در توصیف این مراحل مینویسد: «محمود که چیزی از حیله و نیرنگ پدر نصیبش شده بود سر اسدالله و عدهای از متابعانش را از بدن جدا ساخته به نشانه انقیاد و فرمانبرداری نزد شاه سلطان حسین فرستاد. او بعد مدّعی شد که وی از لحاظ وفاداری نسبت به سریر سلطنت ایران مقدّم به جنگ با اسدالله شده است. شاه ساده دل همچون معمول فریب خورده و به وی خلعت بخشید و حکمرانی کل قندهار را به او سپرده و وی را حسینعلی خان ملقّب ساخت.»[2]
اقدامات محمود افغان از روی برنامه و زیرکانه بود و میدانست که تمام پیامهای شاه سلطان از ضعف و حماقت اطرافیانش نشأت میگیرد و هنگامی که متوجه حذف افرادی چون لطفعلی خان از صحنه مبارزه گردید با اطمینانی بیشتر به توسعه طلبی خود پرداخت. لشکرکشی مرحله دوم محمود افغان به ایران در سال 1134 ه.ق انجام گرفت. ابتدا کرمان را تصرّف کرد و بعد با کمک نیروهای محلی از مسیری که معلوم نیست و به درستی ثبت نشده است به جانب یزد حرکت کرد و به محاصره شهر پرداخت. اهالی شهر جسورانه در مقابل سپاهیانش ایستادگی کردند و از آن جا که محمود دارای توپخانه نبود و تصرّف شهر نیز چندان برایش اهمیت نداشت بعد از مدت کوتاهی از محاصره دست کشید و به سمت اصفهان حرکت کرد. ابتدا وارد ورزنه شد و سپس در گلناباد در مقابل نیروهای شاه سلطان حسین قرار گرفت. در نبرد گلناباد آن چه که موجب پیروزی محمود افغان گردید آشفتگی و تضادهای فکری توأم با خرافات در سپاهیان شاه سلطان حسین بود. در هنگام نبرد با حالتی افتضاح تنها در قسمتی از جبهه جنگ صورت گرفت و به روایتی با کشته شدن 4 تا 10 هزار نفر ایرانی و 500 نفر افغان به داخل شهر عقب نشینی کردند. لکهارت روزهای اول محاصره شهر را چنین توصیف میکند: «خبر مصیبت بار جنگ گلناباد در حدود ساعت نه بعد از ظهر روز هشتم مارس به اصفهان رسید و عامّه را به اضطراب انداخت. سیل فراریان عرصهی کارزار بلافاصله پس از آن به شهر ریخته، قصّهی وحشتزای خود را به گوش اهالی رسانیدند. بر اثر اشاعهی این وحشت واهی رشتهی امور فوراً از هم گسست و اختلال پدید آمد. اکنون خوف بر دلها نشسته بود که دیگر هیچ چیز قادر به جلوگیری از ورود محمود به شهر و غضب سریر سلطنت نیست. شایعات فوراً رواج یافت که مصیبت حتی شورتر از آن چه که فعلاً مینماید، میباشد و در نیمه شب جمعی از زنان وحشت زده، شیون کنان به خیابانها و معابر شهر ریخته قصد داشتند در قلعه تبرک پناهنده شوند. چون روز 9 مارس آفتاب برآمد و اثری از دشمن مخوف مشاهده نگردید هیجان و ترس اندکی تخفیف یافت. شاه و وزیرانش برای حفظ شهر از این فوج غیر مترقّب به قدر میسور استفاده کردند. عدّهای معجّلاً مأمور حصارها و سایر استحکامات شده برای محافظت پلهای زاینده رود توجّه مخصوص مبذول گردید. گاردان در 19 مارس به پاریس گزارش داد که با وجود آن که برای حمل سلاح عدّهای کثیر مرد وجود دارد فقط 500 نفر سرباز داوطلب برای دفاع شهر گرد آمده است. او سپس میگوید از هر هزار نفر ساکنان شهر فقط ده نفر مسلّح به چشم میخورد. در این جا همه چیز آشفته و به هم ریخته است و من معترفم که ترس آن دارم که مشیّت الهی به خوار کردن این سلسله تعلّق گرفته باشد، چه در آن صورت وجود ده هزار افغانی برای این کار بیش از حد لزوم خواهد بود.»[3]