بعد از سقوط حکومت صفوی قدرت و مقام روحانیون رو به افول رفت و تعدادی از آنان عازم کشورهای دیگر از جمله عراق شدند. نادرشاه افشار سعی بر آن داشت که از قدرتیابی مجدد روحانیون جلوگیری کند و عملکرد وی جنبه موقتی داشت. بر خلاف نادر شاه افشار، آقامحمد خان و فتحعلیشاه مجتهدین را خوشامد گفتند و از تقدس مآبی آنها به عنوان جایگزینی برای نسب خود استفاده کردند. مجتهدین در دولت قاجار قوانین قضاوت را مختص خود میدانستند و امور سیاسی را از آن دولت میدانستند. بر خلاف تصور عمومی که علما را به عنوان حامی مستضعفین میدانستند مجتهدین اغلب دعاگوی شاه قاجار و از مداحان حکومت بودند و تا انتهای قرن نوزدهم هرگز هیچ مجتهد شیعهی مهمی مشروعیت حاکمان زمانهی خود را به چالش نگرفت. آن چند فقیهی هم که به کردار حکومت اعتراض داشتند به اصرار فعالان سیاسی و فقط موقتاً و در زمینههایی خاص چنین کاری کردند. از جمله ماجرای قرارداد رژی در سالهای 1891 و 1892 و اعتراض مجتهدین به امتیازاتی که دولت قاجار مطابق این قرارداد به یک کمپانی بریتانیایی داده بود. عباس امانت در رابطه با بخشی از فعالیت علما مانند سید محمد باقر شفتی در اصفهان مینویسد: «مجتهدینی که از عراق به ایران باز گشتند غالباً تبار محقری داشتند، درست برخلاف تعدادی از خانوادههای آخوند پرورِ «اعیان» - خواه عرب، خواه ایرانی که حلقههای تدریس حوزههای تدریس نجف و کربلا را در دست داشتند. این مجتهدین نوعاً روستازادگانی بودند که پس از سالهای سختِ درس خواندن در فقر شدید حالا داشتند با یک یا چند اجازه از علمای نجف به مملکت خود بر میگشتند. آنان غالباً در مراکز تجاری به تازگی احیا شدهای مثل اصفهان و یزد و قزوین و تبریز سکنی گزیدند و در این شهرها توانستند به تدریج کار خود را رونق دهند؛ «نهی از منکر » کنند؛ با یکدیگر بر سر جایگاه و نفوذ رقابت نمایند و مال اندوزی کنند. شاید بهترین مثال یک آخوند اصولیِ ذی نفوذِ اوایل قرن نوزدهم، سید محمد باقر شفتی (1841-1767) مجتهد پر آوازه و قدرتمند اصفهان باشد. سرگذشت او نشان میدهد که آخوندهای رده بالا در آن زمان چه قدرت و مزایایی داشتند. استفادهی مکرر از عناوین فاخر برای آخوندها از قرن بیستم رواج یافت ولی پیش از این تاریخ، شفتی تنها چهرهی شیعی بود که او را حجتالاسلام میخواندند، لقبی که در تشیع عموماً برای امام عصر به کار میرفت. کاربرد این عنوان برای شفتی دلالت بر آن داشت که او حجت استوار اسلام حقیقی است. او در خانوادهای فقیر در شفت (بیست و پنج کیلومتری رشت) به دنیا آمد و در ایران سالها به مدارس دینی رفت و سپس در نجف در حلقههای تعلیمیِ «درست» حضور یافت و چنان که به شاگردانش میگفت طی این دوران نان بیات و هندوانهی پوسیده میخورده است.
اصفهان تدریجاً داشت جایگاه خود را به عنوان مهمترین مرکز دینی به دست میآورد و شفتی توانست با جهد و کوشش فراوان در سلسله مراتب ملایان این شهر بالا برود. او قدرت خود را با تدابیر مختلف تثبیت کرد و از آن جمله است صدور فتواهای غلاظ و شداد، شلاق زدن مجرمان اخلاقی، تخریب خمخانهها، نابودسازی آلات موسیقی، نفی بلد روسپیان، جریمهی مالی میخواران، و اگر بتوان به زندگینامه نویس او اعتماد کرد – گردن زدن تنی چند از هفتاد نفری که خودش به مرگ محکوم کرده بود. در یک مورد او یک متهم به لواط را گردن زد و سپس برایش نماز میت خواند. او حوزهی درس پررونقی داشت؛ اوقاف بدون مدعی یا حتی با مدعی را ضبط میکرد و مال و منال زیادی اندوخت که از آن جمله چند راسته خیابان تجاری، چند روستا و املاک کشاورزی است. اصفهان در آن زمان تازه داشت از چند دهه افول و نقصان جمعیت سر برمیآورد. شفتی وارد تجارت شد و با همکاری یک تاجر گیلانی و سرمایهگذاریهای زیرکانه و حتی وام دادن با بهره – که نقض حکم اسلامیِ ممنوعیت رباخواری بود، ثروتی به هم زد. یکی از رموز موفقیت او ضبط بلافاصلهی وثیقهای بود که بدهکاران ورشکسته به گرو نهاده بودند و بدین ترتیب، پس از چندی توانست در اصفهان و حوالی آن، و همچنین شیراز و یزد، املاک وسیعی به دست آورد. بنا بر یکی از منابع تا دههی 1830 دارایی او چهل کاروانسرا، هزار مغازه و تعداد کثیری روستا در مناطق پربار بروجرد و در یزد بود. این اعداد گرچه احتمالاً اغراق شدهاند ولی بازتابندهی ابهّت او در چشم مردمان زمانهی خود میباشند. گردآوری چنین ثروتی غالباً کار مقامات رده بالای دولتی یا خانهای ایلیاتی بود نه آخوندهایی که معمولاً به ساده زیستی شهرت داشتند.
شفتی عاشق کتاب بود و کتابخانه شخصی کاملی داشت و به امور محلی و منطقهای علاقهمند بود. او همراه دو هزار نفر از پیروان خود از راه خلیج فارس به حج رفت. او با محمد علی پاشا، والی مصر و بعداً حجاز مکاتبه کرد و بنا بر گزارش، او را متقاعد کرد تا درآمدهای قریه فدک را به سیدهای مدینه ببخشد. پاسخ سال 1839 شفتی به سؤال فرستاده بریتانیا یعنی سر جان مک نیل در باب ادعای ایران به هرات، نشان از فراست و بلوغ سیاسی او، اطلاع نسبی از نظام پارلمانی بریتاینا و به رسمیت شناختن دولت قاجار در امور دفاعی و حکمرانی و دیپلماسی دارد. با این حال درخواستهای شفتی از دولت قاجار معمولاً متوجه نفع شخصی خودش بود تا به نفع عموم. نزاع او با حکومت در سالهای آخر عمرش که خالی از خشونت و عوامفریبی نبود، تصویر او را حتی نزد پیروانش نیز مخدوش کرد. در نهایت دولت به حاکم قدرتمند اصفهان یعنی منوچهرخان معتمدالدوله که یک گرجی اسلام آورده بود، دستور داد نفوذ شفتی را محدود کند. منوچهرخان، این مقام دولتی ستیزهجو، کار خود را از خواجگی حرمسرای فتحعلی شاه شروع کرد و سپس معتمد شاه شد و بعداً تبدیل به یکی از قدرتمندترین سیاستمداران دورهی محمد شاه (1848-1834) شد. او در اصفهان لوطیهای شهر را درهم کوبید و کنترل شفتی بر بازار و امور قضایی را محدود کرد.
فتحعلی شاه در مقابل افزایش قدرت مجتهدین اغماض میکرد؛ به آنان معافیتهای مالیاتی میداد و تصدی ایشان بر املاکشان را تأیید میکرد، اما حمایت دولتی تنها موفقیت مجتهدین نبود. مجتهدین شطرنجبازان زیرکی بودند که با ملاکین، تجار و مقامات شهری وارد مذاکره میشدند. برای مثال حاجی محمد حسین اصفهانی صدراعظم آیندهی فتحعلی شاه، دنبال آن بود که شفتی حق او بر تصاحب زمین و مایملک خود را تأیید کند. مادامی که شاه و حکومت او به مجتهدین، زمین و پیشکش میداد همکاری دو سویهی مجتهدین و طبقهی ملاک، قدرت دولت قاجار را در سطح محلی و مرکزی زیر سؤال نمیبرد. مجتهدین میتوانستند از راه مدرسه، مسجد و بازار، پایگاه خود را گسترش دهند. در دارو دستهی آنان، ملایان رده پایین، تعداد زیادی طلبه، سخنران و نوحه خوان عزاداری محرم، و متولیان مساجد و مقابر بود. حلقهی تدریس بزرگ و غالباً بی نظم ایشان که در آنها آموزش متون دینی با احکام عملی پیوند میخورد، راهکار عملی به سوی مجتهد شدن بود. در میان پیروان مجتهدین هم تاجر بزرگ وجود داشت هم خورده فروش، هم مغازه دار. برخی از مجتهدین شهری که در صدر سلسله مراتب آخوندها قرار داشتند لوطیهای خودشان را داشتند و به وقت ضرورت اوباش را بسیج میکردند. کم پیش نمیآمد که مجتهدین تأثیرگذار با راه اندازی شورش از حاکمان یا مقامات استانی امتیازگیری کنند. به رغم تصور عمومی از لوطی به عنوان حامی ضعفا برخی از آنها با خشونتورزی و میخوارگی مداوم، اخاذی و باجگیری یا حتی تجاوز به پسران و زنان جوان باعث سلب آسایش اهل محل میشدند. در پایین هرم سلسله مراتب علما، ملاهای روستایی بودند که به کدخدا و دهقانان آموزشهای دینی میدادند و روستائیان در مقابل مالیات گیران دولتی و دیگر زورمندان غالباً از آنان به عنوان شفیع استفاده میکردند.
مجموعه فتواهای محمد باقر شفتی در قالب سؤال و جواب بود. قسمتی از آن بازتاب رویکرد قدیمی مجتهدین در مواجهه با معضل روسیه بود. این کتاب فصلی داشت در باب جهاد و تکلیف عینی مؤمنان. شفتی بر حسب یک حکم معطل ماندهی اسلامی، در رسالهاش نوشت که همهی اسرای جنگ با کفار که قطعاً منظورش روسها، ارمنیها و گرجیهایی بود که در جنگ قفقاز اسیر شده بودند- باید کشته شوند و بچگان و پیران و زنانشان را باید به بردگی کشید. عجیب آن که در ایران اسلامی، اسرای روس را در عمل بسیار احترام میکردند و آنان هم زندگی در ایران را به خدمت سخت و غیر انسانی در ارتش تزار ترجیح میدادند. فتوای شفتی و آرای مشابه مجتهدین دیگر نشانگر محدودیت اثرگذاری فقها بر جامعهی آرام و غالباً روادار ایران بود.»
منبع: تاریخ ایران مدرن، عباس امانت، جلد اول، ص 234